Thụ đắc là gì? Các công bố khoa học về Thụ đắc

Coot là một ứng dụng đồ họa phân tử chuyên dùng cho việc xây dựng và thẩm định mô hình phân tử sinh học vĩ mô. Chương trình hiển thị các bản đồ mật độ điện tử và các mô hình nguyên tử, đồng thời cho phép thực hiện các thao tác mô hình như chuẩn hóa, tinh chỉnh không gian thực, xoay/chuyển tay chân, hiệu chỉnh khối cố định, tìm kiếm phối tử, hydrat hóa, đột biến, phối hợp và chuẩn hóa Ramachandran. Hơn nữa, các công cụ cũng được cung cấp để thẩm định mô hình cũng như giao diện với các chương trình bên ngoài để tinh chỉnh, thẩm định và đồ họa. Phần mềm được thiết kế để dễ dàng học hỏi cho người dùng mới, nhờ vào việc đảm bảo rằng các công cụ cho những tác vụ thông thường có thể được phát hiện thông qua các thành phần giao diện người dùng quen thuộc (menu và thanh công cụ) hoặc bởi hành vi trực quan (điều khiển bằng chuột). Những phát triển gần đây đã tập trung vào việc cung cấp các công cụ cho người dùng chuyên nghiệp, với các phím tắt có thể tùy chỉnh, mở rộng và một giao diện kịch bản phong phú. Phần mềm đang trong giai đoạn phát triển nhanh chóng, nhưng đã đã đạt được sự phổ biến rộng rãi trong cộng đồng tinh thể học. Tình trạng hiện tại của phần mềm được trình bày, cùng với mô tả các tiện ích có sẵn và một số phương pháp cơ bản được sử dụng.

Một phương trình mới và tương đối đơn giản cho đường cong áp suất chứa nước trong đất, θ(h), được giới thiệu trong bài báo này. Dạng cụ thể của phương trình này cho phép đưa ra các biểu thức phân tích dạng khép kín cho độ dẫn thủy lực tương đối, K_r, khi thay thế vào các mô hình độ dẫn dự đoán của N.T. Burdine hoặc Y. Mualem. Các biểu thức thu được cho K_r(h) chứa ba tham số độc lập có thể được xác định bằng cách điều chỉnh mô hình giữ nước trong đất đã đề xuất với dữ liệu thực nghiệm. Kết quả thu được từ các biểu thức khép kín dựa trên lý thuyết Mualem được so sánh với dữ liệu độ dẫn thủy lực quan sát cho năm loại đất có đặc tính thủy lực khác nhau. Độ dẫn thủy lực không bão hòa được dự đoán tốt trong bốn trên năm trường hợp. Kết quả cho thấy rằng việc mô tả hợp lý đường cong giữ nước trong đất ở mức chứa nước thấp là quan trọng để dự đoán chính xác độ dẫn thủy lực không bão hòa.

Để phân tích thành công mối quan hệ giữa trình tự axit amin và cấu trúc protein, một định nghĩa rõ ràng và có ý nghĩa vật lý về cấu trúc thứ cấp là điều cần thiết. Chúng tôi đã phát triển một bộ tiêu chí đơn giản và có động cơ vật lý cho cấu trúc thứ cấp, lập trình như một quá trình nhận dạng mẫu của các đặc điểm liên kết hydro và hình học trích xuất từ tọa độ x-quang. Cấu trúc thứ cấp hợp tác được nhận diện dưới dạng các thuật toán cơ bản của mẫu liên kết hydro "xoắn" và "cầu". Các xoắn lặp lại là "xoắn ốc", các cầu lặp lại là "cột", các cột kết nối là "tấm". Cấu trúc hình học được định nghĩa theo các khái niệm về độ xoắn và độ cong trong hình học vi phân. "Tính chiral" của chuỗi cục bộ là sự xoắn của bốn vị trí C^α liên tiếp và có giá trị dương đối với xoắn ốc thuận tay phải và âm đối với cấu trúc β- xoắn lý tưởng. Các phần cong được định nghĩa là "bền". "Phơi nhiễm" dung môi được tính bằng số phân tử nước có thể tiếp xúc với một dư lượng. Kết quả cuối cùng là sự biên soạn cấu trúc chính, bao gồm các liên kết disulfide, cấu trúc thứ cấp và phơi nhiễm dung môi của 62 protein hình cầu khác nhau. Bài trình bày ở dạng tuyến tính: biểu đồ dải cho cái nhìn tổng quát và bảng dải cho các chi tiết của mỗi 10.925 dư lượng. Từ điển cũng có sẵn ở dạng đọc được bằng máy tính cho công việc dự đoán cấu trúc protein.

Bối cảnh. Một thang đo sàng lọc 10 câu hỏi về căng thẳng tâm lý và một thang đo dạng ngắn gồm sáu câu hỏi nằm trong thang đo 10 câu hỏi đã được phát triển cho Cuộc Khảo sát Phỏng vấn Y tế Quốc gia của Hoa Kỳ (NHIS) được thiết kế lại.

Phương pháp. Các câu hỏi thí điểm ban đầu đã được thực hiện trong một cuộc khảo sát qua thư toàn quốc tại Hoa Kỳ (N = 1401). Một tập hợp câu hỏi rút gọn sau đó đã được thực hiện trong một cuộc khảo sát qua điện thoại toàn quốc tại Hoa Kỳ (N = 1574). Thang đo 10 câu hỏi và sáu câu hỏi, mà chúng tôi gọi là K10 và K6, được xây dựng từ tập hợp câu hỏi rút gọn dựa trên các mô hình Lý thuyết Ứng phó Mục. Các thang đo này đã được kiểm chứng trong một cuộc khảo sát đánh giá lâm sàng hai giai đoạn (N = 1000 cuộc phỏng vấn sàng lọc qua điện thoại ở giai đoạn đầu, sau đó là N = 153 cuộc phỏng vấn lâm sàng trực tiếp ở giai đoạn thứ hai đã chọn quá mẫu những người trả lời giai đoạn đầu mà có sàng lọc dương tính với các vấn đề cảm xúc) trong một mẫu thông thuận địa phương. Mẫu giai đoạn thứ hai được thực hiện các thang đo sàng lọc cùng với Bảng phỏng vấn Lâm sàng Kết cấu cho DSM-IV (SCID). K6 đã được bao gồm trong Cuộc Khảo sát Phỏng vấn Y tế Quốc gia Hoa Kỳ năm 1997 (N = 36116) và 1998 (N = 32440), trong khi K10 được bao gồm trong Cuộc Khảo sát Quốc gia về Sức khỏe Tâm lý và Sức khỏe Tâm thần tại Úc năm 1997 (N = 10641).

Kết quả. Cả K10 và K6 đều có độ chính xác tốt trong phạm vi 90-99 phần trăm của phân bố dân số (độ lệch chuẩn của các điểm chuẩn hóa trong phạm vi từ 0,20 đến 0,25), cũng như các đặc điểm tâm lý nhất quán qua các mẫu phụ của dân số học xã hội chính. Các thang đo này phân biệt một cách mạnh mẽ giữa các trường hợp bệnh và không bệnh của các rối loạn DSM-IV/SCID trong cộng đồng, với diện tích dưới đường cong Đặc điểm Hoạt động Người nhận (ROC) là 0,87–0,88 cho các rối loạn có điểm Đánh giá Toàn cầu về Chức năng (GAF) từ 0–70 và 0,95–0,96 cho các rối loạn có điểm GAF từ 0–50.

Kết luận. Sự ngắn gọn, các đặc điểm tâm lý mạnh mẽ và khả năng phân biệt các trường hợp DSM-IV với không phải trường hợp làm cho K10 và K6 trở nên hấp dẫn cho việc sử dụng trong các khảo sát y tế đa mục đích. Các thang đo này đã và đang được sử dụng trong các cuộc khảo sát y tế hàng năm của chính phủ tại Mỹ và Canada cũng như trong các cuộc Khảo sát Sức khỏe Tâm thần Thế giới của WHO. Sự kết hợp thường xuyên của K10 hoặc K6 trong các nghiên cứu lâm sàng sẽ tạo ra một cây cầu quan trọng và cho đến nay chưa tồn tại, giữa dịch tễ học cộng đồng và lâm sàng.

Việc áp dụng các kỹ thuật ấn đè vào việc đánh giá độ gãy được xem xét một cách phê phán, chia thành hai phần. Trong phần đầu tiên này, chú ý tập trung vào một phương pháp liên quan đến việc đo đạc trực tiếp các nứt hình quang học Vickers được sinh ra như một hàm của lực ấn. Một cơ sở lý thuyết cho phương pháp này được thiết lập trước tiên, dưới góc độ cơ học gãy ấn đè đàn hồi/plastic. Do đó, khẳng định rằng chìa khóa để phản ứng nứt hình quang nằm ở thành phần tồn dư của trường tiếp xúc. Thuật ngữ tồn dư này có những ý nghĩa quan trọng về sự phát triển của nứt, bao gồm khả năng mọc chậm sau ấn dưới các điều kiện nhạy cảm với môi trường. Các quan sát đặc trưng của nứt trong các vật liệu "tham chiếu" được lựa chọn được sử dụng để xác định độ lớn của hiệu ứng này và để điều tra thêm các rối loạn tiềm tàng khác liên quan đến sự khác biệt với hành vi gãy ấn lý tưởng. Các dữ liệu từ các quan sát này cung cấp một cách hiệu quả để hiệu chỉnh các phương trình độ gãy ấn cho ứng dụng chung vào các gốm sứ có hành vi tốt khác. Kỹ thuật này đơn giản độc đáo trong quy trình và tiết kiệm trong việc sử dụng vật liệu.

Năm 1995, Hiệp hội Quốc tế về Tính chất của Nước và Hơi (IAPWS) đã thông qua một công thức mới gọi là "Công thức IAPWS 1995 cho các Đặc tính Nhiệt động học của Chất Nước Thông Thường phục vụ cho các Mục đích Chung và Khoa học", viết tắt là công thức IAPWS-95. Công thức IAPWS-95 thay thế cho công thức trước đó được thông qua năm 1984. Nghiên cứu này cung cấp thông tin về dữ liệu thí nghiệm đã chọn liên quan đến các đặc tính nhiệt động học của nước được sử dụng để phát triển công thức mới, nhưng thông tin cũng được cung cấp về dữ liệu mới hơn. Bài báo trình bày tất cả các chi tiết của công thức IAPWS-95, thể hiện dưới dạng một phương trình cơ bản rõ ràng liên quan đến năng lượng tự do Helmholtz. Hàm cho phần còn lại của năng lượng tự do Helmholtz đã được điều chỉnh theo dữ liệu đã chọn cho các đặc tính sau: (a) các đặc tính nhiệt của vùng đơn pha (pρT) và bề mặt phân cách hơi-lỏng (pσρ′ρ″T), bao gồm điều kiện cân bằng pha (tiêu chí Maxwell), và (b) các đặc tính nhiệt như nhiệt dung riêng ở thể tích không đổi, nhiệt dung riêng ở áp suất không đổi, tốc độ âm, sự chênh lệch trong enthalpy cụ thể và năng lượng nội tại cụ thể, hệ số Joule–Thomson, và hệ số chế độ giảm áp đẳng nhiệt. Bằng cách áp dụng các chiến lược hiện đại để tối ưu hóa hình thức hàm của phương trình trạng thái và thực hiện phù hợp phi tuyến đồng thời với dữ liệu của tất cả các thuộc tính đã đề cập, công thức IAPWS-95 đã được phát triển để bao gồm một khoảng giá trị nhiệt độ từ đường nóng chảy (nhiệt độ thấp nhất 251.2 K tại 209.9 MPa) đến 1273 K và áp suất lên đến 1000 MPa. Trong toàn bộ miền giá trị này, IAPWS-95 thậm chí còn thể hiện dữ liệu chính xác nhất trong phạm vi không chắc chắn thí nghiệm của chúng. Trong phần quan trọng nhất của vùng lỏng, độ không chắc chắn của IAPWS-95 dao động từ ±0.001% đến ±0.02% trong mật độ, ±0.03% đến ±0.2% trong tốc độ âm, và ±0.1% trong nhiệt dung ở áp suất không đổi. Trong vùng lỏng tại áp suất bình thường, IAPWS-95 rất chính xác trong mật độ (độ không chắc chắn ⩽±0.0001%) và tốc độ âm (±0.005%). Trong một phần lớn của vùng khí, độ không chắc chắn ước tính trong mật độ dao động từ ±0.03% đến ±0.05%, trong tốc độ âm là ±0.15% và trong nhiệt dung ở áp suất không đổi là ±0.2%. Trong vùng tới hạn, IAPWS-95 không chỉ thể hiện tốt các đặc tính nhiệt mà còn cả các đặc tính nhiệt lượng theo một cách hợp lý. Sự chú ý đặc biệt đã được tập trung vào hành vi ngoại suy của công thức mới. Ít nhất về các đặc tính cơ bản như áp suất và enthalpy, IAPWS-95 có thể được ngoại suy lên đến những áp suất và nhiệt độ cực cao. Ngoài công thức IAPWS-95, cũng có các phương trình độc lập cho áp suất hơi, các mật độ, và các đặc tính nhiệt lượng quan trọng nhất dọc theo bề mặt phân cách hơi-lỏng, và cho áp suất trên đường nóng chảy và quá trình thăng hoa. Hơn nữa, một phương trình khí được đưa ra cho các mật độ lên đến 55 kg m−3. Các bảng về các đặc tính nhiệt động học được tính từ công thức IAPWS-95 được liệt kê trong Phụ lục.

RNA không mã hóa lớn nằm ngoài gen (lincRNA) đang nổi lên như các yếu tố điều tiết quan trọng trong nhiều quá trình tế bào khác nhau. Xác định chức năng của từng lincRNA vẫn là một thách thức. Những tiến bộ gần đây trong phương pháp giải trình tự RNA (RNA-seq) và các phương pháp tính toán cho phép phân tích chưa từng có đối với các bản phiên mã này. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đưa ra một phương pháp tích hợp để xác định một danh mục tham khảo gồm hơn 8000 lincRNA của người. Danh mục này hợp nhất các nguồn chú giải hiện có với các bản phiên mã chúng tôi đã tổng hợp từ dữ liệu RNA-seq thu thập từ khoảng 4 tỷ lượt đọc RNA-seq trên 24 mô và loại tế bào khác nhau. Chúng tôi mô tả từng lincRNA với một bức tranh toàn cảnh hơn 30 đặc tính, bao gồm trình tự, cấu trúc, tính sao chép và đặc điểm tương đồng giữa các loài. Chúng tôi nhận thấy rằng biểu hiện của lincRNA có độ đặc thù đáng ngạc nhiên giữa các mô hơn so với các gen mã hóa, và rằng lincRNA thường được đồng biểu hiện với các gen lân cận của nó, mặc dù đến một mức độ tương tự như các cặp gen mã hóa protein lân cận. Chúng tôi phân biệt thêm một tập con của các bản phiên mã có sự bảo tồn tiến hóa cao nhưng có thể bao gồm các ORF ngắn và có thể hoạt động như lincRNA hoặc các peptide nhỏ. Danh mục tham khảo tích hợp, toàn diện nhưng mang tính bảo thủ của chúng tôi về lincRNA người tiết lộ các đặc tính toàn cầu của lincRNA và sẽ hỗ trợ các nghiên cứu thực nghiệm cũng như phân loại chức năng sâu hơn cho các gen này.

Sự phát triển của tính chọn lọc đối với kích thích trong vỏ não cảm giác chính của các động vật có xương sống bậc cao được xem xét trong một khuôn khổ toán học tổng quát. Một sơ đồ tiến hoá synapse kiểu mới được đề xuất, trong đó các kiểu hình đưa vào chứ không phải các nhánh cảm giác hội tụ cạnh tranh với nhau. Sự thay đổi trong hiệu quả của một synapse nhất định không chỉ phụ thuộc vào hoạt động của các synapse trước và sau ngay lập tức mà còn phụ thuộc vào giá trị trung bình theo thời gian thay đổi chậm của hoạt động sau synapse. Giả sử một dạng phi tuyến phù hợp cho sự phụ thuộc này, sự phát triển của tính chọn lọc đạt được dưới các điều kiện khá tổng quát về môi trường cảm giác. Không yêu cầu tính phi tuyến của khả năng tích hợp của neuron cũng như không cần giả định bất kỳ dạng nào cho mạch não trong. Điều này được minh hoạ lần đầu tiên trong những trường hợp đơn giản, ví dụ, khi môi trường bao gồm chỉ hai kích thích khác nhau được trình bày luân phiên theo cách ngẫu nhiên. Tuyên bố chính thức tiếp theo được đưa ra: trạng thái của hệ thống hội tụ với xác suất 1 đến các điểm có tính chọn lọc tối đa trong không gian trạng thái. Tiếp theo, chúng tôi xem xét vấn đề phát triển sớm của tính chọn lọc về phương hướng và tương tác hai mắt trong vỏ não thị giác chính. Bằng cách tạo ra một hình thức môi trường phù hợp, chúng tôi thu được các đường cong điều chỉnh phương hướng và sự thống trị mắt so sánh với những gì quan sát được ở các con mèo hoặc khỉ trưởng thành nuôi dưỡng bình thường. Các mô phỏng với đầu vào hai mắt và nhiều loại môi trường bình thường hoặc thay đổi cho thấy sự phù hợp tốt với dữ liệu thực nghiệm liên quan. Các thí nghiệm được gợi ý để có thể kiểm tra lý thuyết của chúng tôi thêm.

Quang phổ kinh tế lá (LES) cung cấp một khuôn khổ hữu ích để xem xét các chiến lược loài được định hình bởi lịch sử tiến hóa của chúng. Tuy nhiên, quang phổ đó, như đã được mô tả ban đầu, chỉ đề cập đến hai nguồn tài nguyên chính (carbon và dinh dưỡng) và một trong ba cơ quan thực vật quan trọng về mặt kinh tế. Ở đây, tôi đánh giá xem liệu ý tưởng về quang phổ kinh tế có thể được mở rộng một cách tổng quát đến nước – nguồn tài nguyên thứ ba – thân, rễ và toàn bộ cây, cũng như ở các quy mô cá nhân, cộng đồng và hệ sinh thái. Giả thuyết tổng thể của tôi là sự lựa chọn mạnh mẽ dọc theo các trục đánh đổi thuộc tính, kết hợp với các ràng buộc sinh lý, dẫn đến sự hội tụ cho bất kỳ nhóm nào theo một chiến lược đồng đều nhanh, trung bình hoặc chậm (tức là các tốc độ thu nhận và xử lý tài nguyên) cho tất cả các cơ quan và tất cả các nguồn tài nguyên.